Ich denke, man muss das Thema technisch, wirtschaftlich und aus der Sicht des Kunden betrachten...
Technisch kann der LH-Mitarbeiter am F-Schalter nicht auf den LX-Flug zugreifen. Der Dienstleister (Wissag, Acciona, Swissport oder wer auch immer) hat die Kontrolle über den Flug. Diese Dienstleister haben meist eigene Check-In-Systeme und es werden entweder die Flugdaten für den jeweiligen Flug in das System überspielt oder die Mitarbeiter checken zwar auf dem System des Kunden (also hier Swiss) ein, haben aber ihr bekanntes GUI (und können so ohne große Umschulung auf Alitalia, Iran Air, China Southern oder was weiß ich einchecken). Nachteil ist, dass oft viele Funktionalitäten wie z.B. Seat Blocking gesperrt sind und dann oft nur durch einen Supervisor aufgehoben werden können (im Gegensatz zum eigenen Personal, dass dann meist die vollen Rechte hat). Ist der Flug im Wisag-System, dann kann er nicht im LH-System geladen sein. Sprich, beide Systeme können nicht gleichzeitig auf dem Flug einchecken.
Wirtschaftlich heißt es ja meist bei irgendwelchen Mergern oder Unternehmenszukäufen, dass Synergien gehoben werden und anderes tolles Blablabla. Die Gesellschaften bleiben dann aber unabhängig und haben eine eigene GuV-Verantwortung. Das führt dazu, dass eben KEINE Synergien gehoben werden, sondern jede Gesellschaft, Einzelentscheidungen mit dem Ziel des eigenen Optimums trifft (meist werden kleinere Synergien wie der gemeinsame Einkauf von Stoffservietten oder ähnlichem dann als großer Erfolg gefeiert). Da berechnet die LH der LX in Berlin EUR 3,25 pro abgefertigtem Passagier und LX wechselt zu Wisag, die vielleicht nur EUR 3,00 verlangen. Für LX super: Kosten gespart. Das bei LH dadurch Personal frei wird, dass am Ende teuer abgebaut werden muss, ist LX egal. Die Kosten laufen bei LH und damit im Gesamtkonzern aber auf...
Aus Kundensicht ist die Entscheidung ebenso unerklärlich wie aus wirtschaftlicher Betrachtung. Der Kunde mit LX F-Ticket bzw. der SEN/HON ärgern sich und können es nicht nachvollziehen, dass sie den LH-Schalter nicht mehr nutzen dürfen.