Die Einreise muss immer am 1. Flughafen im Schengenraum erfolgen, da es beim Anschlussflug dann keine Passkontrollen mehr gibt.
Das sollte in Köln für EU-Bürger nicht so lange dauern, aber die Frage ist eben wie viel Sicherheitszeit man für eine mögliche Verspätung einkalkuliert. Im Falle einer Verspätung aus BKK wäre Bahn oder Fernbus als Plan B möglich, im Falle der Verspätung aus MUC ist es kaum möglich ohne große Mehrkosten nach BKK zu kommen.
Ich würde mir hier an Deiner Stelle überlegen ob es nicht besser ist nachträglich ein Rail&Fly Ticket über EW zu buchen. Die Fahrt vom Kölner Flughafen zum Münchener Hbf dauert knapp 5 Stunden. Wenn man das mit Reserve, Flugzeit und S-Bahn MUC-Hbf vergleicht, ist das auch nicht so viel länger, aber flexibler und günstiger als ein Flug (inkl. Gepäck). Eine zeitliche Reserve für dir Fahrt nach Köln braucht man allerdings trotzdem.
Noch zur Frage nach dem Gepäck durchchecken, unabhängig von den technischen Systemvoraussetzungen würde ein Durchchecken von MUC bis BKK für die Airline der Kurzstrecke bedeuten dass sie im Extremfall das Gepäck bis BKK nachliefern müsste. In dem Fall wären mit der angebotenen Kulanz dann ggf. hohe Kosten verbunden. Daher ist es aus meiner Sicht auch verständlich wenn das bei getrennten Tickets abgelehnt wird.
