Vielleicht habe ich deine Frage gar nicht verstanden, trotzdem versuche ich es mal (war die letzten 2 Jahre mit denen unterwegs):
Die Drehkreuze sind Athen und Thessaloniki. Du kannst ab Deutschland beispielsweise eine Umsteigeverbindung auf eine Insel (ich empfehle bekanntlich Santorini) buchen. Manchmal kommt man auch abends in Athen an und der Weiterflug ist am nächsten Tag, du kannst dir also abends die Akropolis (von unten) ansehen, den Hadriansbogen und noch ein paar Ausgrabungen, die vom Syntagma auf dem Weg liegen. Ggf. in der Plaka auch ein paar Ouso scheppern. Vom Flughafen in die Innenstadt fährt die Metro bzw. nachts ein Bus rund um die Uhr zum Syntagma.
Inselhoppinglegs kann man auch einzeln buchen, dazu bietet sich z.B. Flugladen an (bei Sofortüberweisung keine Gebühren und mit Qipu 9 Euro Cashback). Alternativ kann man auch zwischen den Inseln mit Fähren/Speedkatamaranen rumkurven, allerdings ist das auch nicht viel billiger. Wie schon hundertmal geschrieben empfehle ich als Insel Santorini (du hast ja auch Zugriff auf meine Facebook Fotos dazu). Sonst ist sicherlich auch Mitinsasse Farscape als "Profi-Griechenlandurlauber" hilfsbereit.
Und noch was: Aegean Airlines gibt es tatsächlich, ich habe es auch erst geglaubt als die Maschine abgehoben hatte.
