Es gibt an keinem US Flughafen die Möglichkeit, Gepäck aufzubewahren. Der Lufthansa Schalter nimmt frühestens 3 Stunden vor Abflug Gepäck an (JFK manchmal 4 Stunden).
Mein tipp wäre: nimm Dir ein Auto, stell es in Jersey City (z.B. Parkplatz des Double Tree 15$) mit dem Gepäck im Kofferraum ab und fahr die 5 min nach Manhattan mit dem PATH train rein.