Ich bin kein Steuerberater, habe aber reichlich persönliche Erfahrung mit genau der vom OP beschriebenen Situation: +1 ist in der Schweiz angestellt, wurde nach DE entsandt, Gehalt wurde weiterhin in CHF überwiesen, Arbeitsvertrag blieb unverändert.
Ergebnis: Voll steuerpflichtig in DE und auch in CH. Aufgrund des DBA wurde die Est-Erklärung erst in DE fertig gemacht und mit den vorläufigen Zahlen, die die StB zusammengetragen haben, dann die in CH. Brachte der DE-Bescheid abweichende Zahlen, wurde in der Schweiz nachträglich korrigiert.
Aber: De facto hat +1 in DE keinen Cent bezahlt. Der Arbeitgeber hat für alle Expats das Modell der "hypothetischen Steuer" eingeführt. Meint: Man tut so, als würden die Expats weiterhin in der Schweiz leben, arbeiten und versteuern. Zweimal pro Jahr wird die in CH zu erwartende Steuer vorab geschätzt (das Jahreseinkommen fluktuiert aufgrund von Boni und Aktienoptionen) und ein Zwölftel der geschätzten Summe jeden Monat vom Gehalt einbehalten. Im Rahmen der Steuererklärung wird das Ganze dann sauber berechnet und wir zahlen entweder noch was nach an den AG (der den Gesamtbetrag dann an die Finanzbehörden in CH weiterreicht), oder es kommt was zurück.
Die Est im Gastland (im Beispiel: DE) zahlt der Arbeitgeber dann komplett. Sinn: Sicherzustellen, dass ein ins Ausland entsandter MA aufgrund der lokalen Steuern nicht schlechter gestellt wird als im "Heimatland" (CH). Denn trotz DBA kann man als Angestellte(r) auf Steuerzahlungen sitzenbleiben, die es im Heimatland nicht gäbe (DE besteuert beispielsweise sämtliche vom AG übernommene Kosten wie Schulgebühren, Miete/Nebenkosten als geldwerten Vorteil, die Schweiz tut das nicht).
Liegt der Steuersatz im Gastland unter dem der Schweiz, macht der Arbeitgeber "Gewinn" (was derzeit im Fall von HKG vs CH eine stattliche Summe ist; DE vs CH war eher unerheblich).