Der Hauptbahnhof ist eigentlich relativ gut zu erreichen, von dort aus geht's recht bequem per Bahn weiter. Das Ticketkaufen kann mitunter recht lustig werden - wir hatten leider Schalterpersonal das absolut kein Deutsch/Englisch konnte, glücklicherweise hat uns eine Studentin dann auf Englisch angesprochen und für uns die Tickets gekauft, sonst wäre das ein bisschen komplizierter geworden (zugegebenermaßen wollten wir nicht nach Auschwitz, das wäre vermutlich einfacher gewesen).
Alternativ gibt es auch Busse oder, was wir zumindest für die Flughafentransfers genutzt haben,
http://krakowdirect.com - damit waren wir sehr zufrieden!