Die entsprechende EU-Verordnung für den Eisenbahnverkehr sieht in Artikel 16 u.a. eine "Fortsetzung der Fahrt oder der Weiterreise mit geänderter Streckenführung unter vergleichbaren Beförderungsbedingungen bis zum Zielort bei nächster Gelegenheit oder zu einem späteren Zeitpunkt nach Wahl des Fahrgasts"
https://eur-lex.europa.eu/legal-content/DE/TXT/PDF/?uri=CELEX:32007R1371&qid=1486543383240&from=EN
Meinem Verständnis nach könntest du eine Ersatzbeförderung mit dem Bus ablehnen, da dies nach meinem Rechtsverständnis nicht zu vergleichbaren Beförderungsbedingungen zählt. Hier im Vielfliegertreff haben wir ja gelernt, dass ein Flug in C auch nicht vergleichbar ist, daher würde ich ein anderes Verkehrsmittel als die Bahn ebenfalls nicht als vergleichbar ansehen.
Wenn die Alternative mit dem Bus - sofern Flixbus sie denn anbietet - auch nicht die nächstmöglich ist, könntest du dies ebenfalls als Grund anführen, warum du mit der DB gefahren bist und daher das Ticket einreichst.
Bei allen übrigen EVUs in Deutschland ist die Regelung, dass jeder andere, nicht reservierungspflichtige Zug genutzt werden darf.
Die Kosten müsstest du dann aber direkt bei Flixtrain geltend machen, da dieses EVU
nicht am Servicecenter Fahrgastreche teilnimmt.
Solltest du Unstimmigkeiten haben, kannst du leider ebenfalls nicht den Weg über die SÖP gehen, da Flixtrain nicht daran teilnimmt.
Da hilft dann im Zweifel nur eine Beschwerde über das EBA oder der Weg zum Anwalt.