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Daraus schließe ich, dass es keinesfalls schaden kann - sollte nicht gleich in INN komplett eingecheckt werden können -, nach Ankunft in AMS kurz zur Abflugebene hochzugehen und am Automaten den Check In zu versuchen. Sollte das nicht klappen, kann man immer noch beim Personal nachfragen.
Check-in Automaten stehen auch auf der Ankunftsebene, es ist also nicht erforderlich, erst hoch zu fahren.