Malediven ist pauschal schon sinnvoll, zumindest wenn das Resort nur mit teurem Wasserflugzeug erreicht werden kann.
Alternativ Flug und Hotel separat, aber Hotel über einen der grossen Veranstalter. Oft gute Raten und dann Transfer ebenfalls schon dabei.
Auf jeden Fall jedoch vergleichen und diese sehr hohen Transferkosten mit in die Berechnung einbeziehen.
Und wenn man den Flug selbst bucht auch darauf achten dass er trotz möglicher Verspätung mit genug Puffer bis zum letzten Wasserflugzeug landet (und beim Rückflug so abfliegt dass man am selben Tag noch per Wasserflugzeug den Flug erreichen kann). Die Deadlines kennt das Hotel, und auch die Kosten für den Transfer. Der lässt sich nämlich wenn privat gebucht in der Regel auch nur über das Hotel buchen, bei Trans Maledivian kann man keine Flüge "direkt" buchen. Man muss über das Hotel buchen und ist dem saftigen Preis ausgeliefert.
(Ausnahmen für Resorts die von einem der Linienflughäfen erreichbar sind).
Nun zur eigentlichen Frage:
Veranstaltertarife werden oft erst 3-4 Wochen vor Flug ausgestellt. Das gibt Dir in der Regel günstigere Zahlungs- und Stornobedingungen als bei Linienflügen die man selbst bucht. Bevor ein Ticket ausgestellt ist, kann man kein Upgrade durchführen. Darüber hinaus sind bei manchen Airliens (QR weiss ich nicht) VA-Tarife nicht upgradefähig, entweder generell nicht oder in einem Teil der Buchungsklassen nicht. Zuletzt (das aber seltener) kann es sein dass man über ein Gruppenkontingent des Veranstalters gebucht wird, was in der Regel fast bei keiner Airine upgradefähig ist.
Es gibt auch Veranstalter die X-Tarife anbieten. Ein gutes Reisebüro kann dafür sorgen dass die Pauschalreise mit einem veröffentlichten Tarif kombiniert wird, das ist dann so als hättest Du ein normales Ticket bei Qatar. Das dürfte am wenigsten Probleme darstellen.