Es steht wie immer die grundsätzlich Frage im Raum, welche Gesellschaft zahlt dir dein Gehalt. Südafrika hat eine sog. Territorialbesteuerung (wie fast alle Länder außer den USA und Eritrea), heißt sofern du dein Gehalt als Angestellter von der lokalen Gesellschaft beziehst und dein deutscher Vertrag ruhend gestellt wird unterliegst du voll den südafrikanischen Steuergesetzen. Hier kann dir nur ein örtlicher StB verbindliche Aussagen machen.
Im Falle das du ein "echter" Entsendeter bist, also weiterhin das Gehalt aus Deutschland beziehst, ist die Herausforderung das die das dt. Finanzamt in diesem Fall keinen Lebensmittelpunkt in Südafrika unterstellt. Was durch den Mitzug der Familie impliziert wird. Nur wenn dieser Fall nicht eintritt, dann würde dein Wohnsitz in Südafrika als beruflich bedingter Zweitwohnsitz anerkannt werden und du kannst die damit verbundenen Heimflüge steuerlich in Abzug zu bringen.
Neben dem Problem mit dem Lebensmittelpunkt, dürftest du Schwierigkeiten bekommen eine Work Permit ohne lokale Anstellung in Südafrika zu bekommen.
Wie immer, meine private unqualifizierte Meinung zu dem Thema und keine Form der Steuer- oder Rechtsberatung.