Die Antwort von rcs als oberschlau abzustempeln, halte ich hier für den klassischen "Steineschmeißer im Glashaus".
Ich habe den Buchungsprozess mit Deinen Daten gerade noch einmal exemplarisch durchgespielt und konnte auch hier die Buchungsklasse nicht direkt einsehen. Allerdings verspricht Dir TAP auch nirgendwo die Meilen, was Du selbst unterstellt hattest. Lediglich von TAP's eigenem Meilenprogramm ist die Rede, keinesfalls aber von Sammeln bei A3 und Konsorten.
Aus dem "Schlamassel" kommst Du, falls Dir die Meilen so wichtig sind, wohl nur durch Storno und Neubuchung raus. Letztere solltest Du dann von einem Reisebüro vornehmen lassen, welches Dir die Buchungsklassen sagen kann. rcs ist da sicherlich gerne behilflich ;-)
Randnotiz: Da Tegel wohl zum 15.06. (vorübergehend?) schließt, kommst Du vielleicht aus der Sache heraus, sollte Dein Ticket nicht kostenfrei stornierbar sein.