Das läuft definitiv wahrscheinlich schon jetzt in den Buchungen bei den entsprechenden Agenturen wo Du gebucht hast (oder bei der Airline) als Dupe auf, mit einer Frist das ganze zu bereinigen da sonst eine Stornierung droht.
De facto wird die Stornierung wahrscheinlich nicht erfolgen, weil ja beide Tickets ausgestellt wurden.
Dennoch könnte ich mir vorstellen, dass es spätestens am Check-in Nachfragen geben wird. Letztendlich ist es aber ja auch nicht verboten ein Flugsegment verfallen zu lassen, auch wenn die Airlines das nicht so gerne sehen, weil sie davon ausgehen dass Du dadurch einen teureren One-Way-Flug verhindern wolltest.
Ich würde das wie folgt handhaben: Wenn Deine Agentur bzw Swiss Dich anruft, hab eine kleine nachvollziehbare Geshichte parat (nach dem Motto: "ich habe später noch eine Terminänderung gehabt und daher gleich vom Punkt X einen Flug nach Y gebucht, weil es keinen Sinn mehr machte heimzufliegen". Ich hatte als Agent von einem Kunden einen ähnlichen Fall, und wenn ich mich recht entsinnne sogar auch bei LX. Da meinte der Typ vom Agent Helpdesk lediglich "wissen sie was, ich nehme den nciht benötigten Rückflug einfach aus der Buchung raus, dann läuft das bei uns auch nicht mehr als Doppelbuchung auf". Ich daraufhin: "Und gibts dann keine Nachbelastung weil offensichtlich nie der Rückflug genutzt werden sollte?" er: "ich arbeite seit XX Jahren hier und sowas habe ich noch nie erlebt"... Na dann... Und so war der Fall gelöst. Lege natürlich nicht meine Hand ins Feuer dass es bei Dir genauso einfach geht.