falls Du mit dem Shinkansen fahren willst lohnt es sich auf jedenfall einen Gutschein ( geht nur außerhalb von Japan) zu kaufen um x Tage die Züge nutzen zu dürfen.
Heißt "JR Pass", gibts hier in jedem guten Reisebüro, und lohnt sich ab einer H/R-Fahrt Tokyo-Kyoto (für den 7-Tage-Pass). Gilt m.W.n. immer noch nicht für den Nozomi (schnellster Shinkansen). Benutzen kann man den JR-Pass auch für lokale JR-Linien in den Städten, aber nicht für die privaten (in Japan gibt es viele konkurrierende Eisenbahnunternehmen, die auch schon mal dieselbe Strecke fahren - von Shibuya nach Yokohama kommt man z.B. mit der JR Yokosuka Line, aber auch mit der Tokyu Toyoko Line).
In Kyoto gibts für Touristen Tageskarten für den Bus, einfach bei der Touristinfo nachfragen, die sind direkt im Kyoto Station. Da haben sie auch Stadtpläne. Überhaupt kann man sich in Kyoto vieles erlaufen, das Schachbrettmuster macht es einfach. Für weitere Strecken gibt es dann die grünen Busse - die allerdings oft älteren Modells sind, und für großgewachsene Mitteleuropäer gewöhnungsbedüftrig sein können. Taxi sollte man in Japan aber einmal auf jeden Fall ausprobieren, da stimme ich meinen Vorrednern zu!
Für die Übernachtung in Kyoto würde ich Ryokan empfehlen, also Hotel im japanischen Stil, statt westlichem Hotel. Wenn schon, denn schon.
Hier
Japanese Guest Houses - Kyoto Ryokan gibts eine ganz brauchbare Liste in Englisch.
Übernachtung im Ryokan beinhaltet ein opulentes Abendessen und ein meist ebenso opulentes Frühstück, alles japanische Küche, versteht sich. Geschlafen wird im Ryokan auf Futons (gute Futons sind übrigens nicht hart), gebadet und entspannt im Gemeinschaftsbad (Zimmer haben jeweils noch ein eigenes Bad + Toilette). In Ryokans in Kyoto wird inzwischen auch brauchbares Englisch gesprochen.
Kulinarische Spezialitäten in Kyoto sind Kaiseki-Ryori (viele kleine Gerichte / Gänge, japanische Haute cuisine) und Yudofu (Tofu in Brühe, bzw. als Menü Tofu in allen Variationen - klingt fad, schmeckt aber sehr lecker, gerade bei kaltem Wetter!). Für Yudofu kann ich das Chikamura in Gion empfehlen, Yudofu-Menü (4-5 Gänge) 3000 Yen p.P., das sind nichtmal 30 Euro, dazu kann man dort noch verschiedene Sorten exzellenten Sake probieren. Weiß allerdings nicht, wie gut sein Englisch ist...

Für Kaiseki habe ich keine Empfehlung, da das leider bisher immer über meinem Budget lag. Abendessen im Ryokan besteht auch immer aus mehreren Gängen und vielen Kleinigkeiten.
Für spätere Japanreisen dann unbedingt mal raus aufs Land und rein in die heißen Quellen... himmlisch!