Man kann's aber auch übertreiben (zumal du ja vorher explizt zugestimmt hast, dass es so läuft). Ein Sicherheitsrisiko sehe ich darin nicht wirklich. Einen Komfortgewinn dagegen schon.
Aber, ganz grundsätzlich, aus Datenschutzgründen wäre es mir persönlich natürlich auch lieber, sie verschlüsselten das PDF. Denn die sensiblen Infos (also was ich wo zahlte ... zB die Bestellung beim Kondomversand, während mein(e) Freund(in) schon ewig auf dem Trockenen sitzt ...) sind ja die Rechnungsdaten, nicht das Kreditlimit. Technisch wäre eine Ende-zu-Ende-Verschlüsselung auch bei PDF machbar und wünschenswert, eine Signierung erst recht, mit gewissen Komforteinbußen wäre es ev. verbunden, klar. Aber keine Ahnung, ob jenseits des Finanzamtes überhaupt ein derartiger Aufwand in der Geschäftswelt getrieben wird.