Ich denke an den Antworten hier sieht man, dass eine pauschale Antwort hier sehr schwierig ist. Es kommt auf persönliche Vorlieben an und auch auf die tatsächliche Strecke.
Ich bin z.B. innerdeutsch häufig auf der Strecke Hamburg Köln unterwegs, mein eigentliches Ziel liegt immer etwas nordöstlich von Leverkusen. Die Bahn braucht von Hamburg Hbf nach Köln Hbf wenn mich nicht alles täuschst knapp 4.5 Stunden. Fahre ich von dort aus nun mit dem Bus weiter kommen nochmal 1.5 Stunden dazu. Abholen lassen ist in der Kölner Innenstadt jetzt auch nicht so entspannt, da ist CGN bequemer (auch wenn die Autobahnen auf der Strecke auch oft dicht sind). Mit dem Flieger von HAM nach CGN brauche ich von Haustür zu Haustür 3 bis 3.5 Stunden. Mit dem Zug eben eher 5.5 bis 6 Stunden. Noch dazu ist Zugfahren häufig teurer oder eben zu sehr unpassenden Zeiten. Wobei auch fliegen auf der Strecke in letzter Zeit teurer geworden ist, mit ein bisschen Vorlauf oder Flexibilität bekommt man die Strecke aber für unter 50 Euro.
Andere Alternative ist das Auto. Dauert von Tür zu Tür unter perfekten Bedingungen und ohne Pause ebenfalls 3.5 Stunden. Realistisch mit Pause und vor allem Verkehr auf der A1 aber dann doch eher 5 Stunden oder auch mal länger (gerade Freitagnachmittags). Wenn man Mitfahrer mitnimmt kann man hier Geld sparen und dann ist ein Mietwagen eine gute Option, kostet dann aber auch wieder mehr Zeit alle einzusammeln und rauszulassen. Alleine ist das natürlich auch teuer und auch allgemein stressig. Ich fahre zumindest nicht besonders gerne lange Auto, vor allem bei viel Verkehr. Wenn ich als Mitfahrer bei jemand anderem mitfahre (Blablacar, sicherlich in diesem Forum keine adäquate Fortbewegungsart) kostet mich das auf der Strecke meistens so um die 25 Euro. Dabei hab ich nur eine beschränkte Auswahl was die Auswahl von Fahrer und Fahrzeug angeht und daher ist das nicht so besonders komfortabel, und es kommt gelegentlich auch vor dass ein Fahrer absagt. Schön hierbei ist aber dass man auch sehr kurzfristig zum gleichen Preis buchen kann. Über Fernbus müssen wir denke ich nicht diskutieren...
Was den Zeitvorteil angeht gewinnt also der Flieger. Ich will jetzt keine Diskussion über die Pünktlichkeit und Zuverlässigkeit der Bahn losbrechen, aber ich hatte bei den meisten Bahnfahrten fast immer irgendwelche Probleme. Auto ist ebenfalls relativ unberechenbar, Fliegen ist nach meiner Erfahrung am zuverlässigsten. Und hier wird sich auch am besten um einen gekümmert wenn etwas mal nicht läuft. Was Komfort angeht verliert das Auto, die Bahn ist recht weit vorne (zumindest wenn man einen Sitzplatz hat und nicht umsteigen muss), Fliegen ist aber mindestens genauso komfortabel: Ja, weniger Zeit am Stück um zu arbeiten o.ä., dafür (bessere) Lounge und bessere Atmosphäre.
Es kommt also vor allem auf den Einzelfall an. Als Geschäftsreisender muss ich auch nicht immer in die Innenstadt, viele Firmen sind eben auch außerhalb und oft in der Nähe von Flughäfen. Auf der Strecke HAM FRA ist die Bahn z.B. wieder durchaus konkurrenzfähiger, dauert es hier nur 3.5 Stunden mit dem Zug. Und FRA ist tendenziell auch eher ein Flughafen bei dem alles länger dauert als in CGN. Kommt dann aber auch drauf an wo man in HAM startet und wohin man in FRA will.
Und dann kommt für mich persönlich auch noch der Aspekt hinzu, dass ich als jemand aus der Luftfahrtbranche grundsätzlich von diesem Transportkonzept überzeugt bin. Anders als vom Konzept Bahn. Und daher nehme ich lieber den Flieger. Natürlich nicht auf der Strecke Hamburg Berlin, aber bei HAM DUS z.B. schon eher "aus Prinzip". Wenn es die Bahn zweimal hintereinander nicht schafft mich auf ohne Umstieg auf der Strecke FRA HAM mit weniger als einer Stunde Verspätung ans Ziel zu bringen, dann versuche ich irgendwann halt auch Geschäfte mit diesem Unternehmen zu vermeiden...